Jason Bourne ist auf Bali untergetaucht, wo er in den Besitz eines mysteriösen Rings gelangt. Die Inschrift des Rings verweist auf eine im Geheimen operierende Organisation, deren Machtzentrum er in Marokko vermutet. Dort trifft er auf seinen Todfeind Leonid Arkadin, und ein unerbittlicher Kampf entbrennt. Doch beide scheinen in eine tödliche Falle getappt zu sein.
Jason Bourne kommt nicht zur Ruhe. Kaum genesen von den Verletzungen, die er sich bei seinem letzten Einsatz zugezogen hat, gerät er auf die Spur einer Gruppe namens Severus Domna, die im Verborgenen ihre dunklen Ziele verfolgt. Bourne sucht das Machtzentrum der Organisation auf, das im Atlasgebirge in Marokko liegt und er trifft dort auf seinen unerbittlichen Widersacher Leonid Arkadin, der so wie Jason Bourne einst ein geheimes Ausbildungsprogramm der CIA absolviert hat.
Aber es ist kein Zufall, dass Bourne und Arkadin aufeinandertreffen: Ein ehemaliger CIA-Agent will das Projekt wiederaufleben lassen und herausfinden, wer von den beiden die perfekte Kampfmaschine ist. Er provoziert den Showdown zwischen Bourne und Arkadin, und Bourne erkennt, dass er nur überleben kann, wenn er sich endlich von den Zwängen seiner dunklen Vergangenheit befreit.